こんなときにはArcpyを使って処理するとべんりです。
# arcpyをインポートする
import arcpy
# 必要なエクステンションがあるかどうかをチェックする
# spatial analyst = "spatial"
# 3D analyst = "3D"
arcpy.CheckOutExtension("spatial")
# 入出力する変数を定義する
# パスとファイル名はダブルコーテーションで囲う
# パス区切りは\\で行う
hexagons_shp = "D:\\test\\hexagons.shp"
dem50gsi_j2ku54_img = "D:\\test\\dem50gsi_j2ku54.img"
output_table = "D:\\temp\\zst_slope_02.dbf"
# 処理コマンド中に上記変数を入力する
# 上記の変数以外の設定値はダブルコーテーションで囲って指定する
# どのような変数が必須かはHELPを参照する
arcpy.gp.ZonalStatisticsAsTable_sa(hexagons_shp, "Unique_ID", dem50gsi_j2ku54_img, output_table, "NODATA", "ALL")
# 処理が終了したらfinishという文字を表示させる
print "finish"
# globモジュールをインポートする
import glob
# arcpyをインポートする
import arcpy
# 出力ファイルのパスと名前を指定
outputdata = "C:\\temp\\ps_merge_all.shp"
# ワイルドカードを使用して入力データリストを指定
files = glob.glob('C:\\temp\\*.shp')
# Process: マージ (Merge)
arcpy.Merge_management(files, outputdata)
# 処理終了時にfinishと出力する
print = "finish"
for x in [111, 222]:~ &color(red){'''#変数の宣言'''};~ fc = input_dir + "\\13lf" + str(x) + "_l_org_h.txt"~ fc2 = str(x) + "_la"~ fc3 = output_dir + "\\13lf" + str(x) + "_p_j2kxy13.shp"~ &color(red){'''# Process: XY イベント レイヤの作成(Make XY Event Layer)'''};~ arcpy.MakeXYEventLayer_management(fc, "x", "y", fc2, "", "z")~ &color(red){'''# Process: フィーチャのコピー(Copy Features)'''};~ arcpy.CopyFeatures_management(fc2, fc3, "", "0", "0", "0")~ &color(red){'''# 処理が1サイクル正常に終了したら出力ファイル名を表示させる'''};~ print str(x) + "_p_j2kxy13.shp"~# どこかで処理が停止した場合 "error" と表示させる
print "error"~# すべての処理が正常に終了したら"finish"と表示させる