cd /d D:\DEM\GSI5m
dir /b /s *.tif>list.txt
# --optfile でlist.txtを読み込むことで、処理対象ファイルを指定する
# -init でNodata(海の部分)は"-9999"または"0"と指定
python C:\OSGeo4W\bin\gdal_merge.py -o D:/DEM/GSI5m/merge.tif -init -9999 --optfile D:/DEM/GSI5m/list.txt
# -tr で解像度を指定(ここでは5m×5m)
# -dstnodata でNodata値を"-9999"または"0"と指定
gdalwarp -s_srs EPSG:4612 -t_srs EPSG:3100 -dstnodata -9999 -of HFA -tr 50 50 D:/DEM/GSI5m/merge.tif~ D:/DEM/GSI5m/merge_j2ku54.tif